Fenerbahçe futbol takımının ulusal düzeyde 19 Süper Lig , 6 Türkiye Kupası ve 9 Türkiye Süper Kupası şampiyonluğu bulunmaktadır. Kazandığı kupaların sayısı bakımından Türkiye’nin en başarılı ikinci takımıdır. Kulüpteki futbol hariç diğer branşlar basketbol, voleybol, atletizm, boks, kürek, yelken, yüzme, masa tenisidir. Ayrıca 2012-2013 sezonunda UEFA Avrupa Ligi’nde yarı finale çıkarak tarihinde bir Avrupa kupasındaki en iyi derecesini elde etti. 1967-68 sezonunda şampiyonluk yaşadığı Balkan Kupası Türkiye’nin ve kulüp tarihinin ilk Avrupa kupası oldu.
Ayrıca Türkiye Futbol Federasyonu’nun kayıtlarında yer almasa da Fenerbahçe futbol takımı, 1913-1914 sezonu ile 1914-1915 sezonlarında iki sezon art arda İstanbul Lig şampiyonu olurken, 1920-1921 sezonu ile 1922-1923 sezonlarında ise Cuma Ligi’nde şampiyon oldu. Hatta 1922-1923 şampiyonluğunda o sezon boyunca hiç gol yemedi Fenerbahçe futbol takımı.
Fenerbahçe futbol takımı 1923 yılında ise General Harrington Kupası’nı kazandı. Fenerbahçe, ilk olarak 1911-12 sezonunda katıldığı ve 1958-59 sezonuna kadar farklı statülerde yapılan İstanbul Ligleri’nde 16 şampiyonluk kazandı. Bu şampiyonluklardan 14’ü İstanbul Ligi, 2’si İstanbul Cuma Ligi kupasıydı. Son şampiyonluğunu 2013-2014 sezonunda kazandı Fenerbahçe futbol takımı.
Türkiye Şampiyonluğu:
Fenerbahçe 1959, 1960-61, 1963-64, 1964-65, 1967-68, 1969-70, 1973-74, 1974-75, 1977-78, 1982-83, 1984-85, 1988-89, 1995-96, 2000-01, 2003-04, 2004-05, 2006-07, 2010-11, 2013-14 yıllarında Türkiye şampiyonluğu yaşamıştır.
Lig İkinciliği:
Fenerbahçe, 1959-60, 1961-62, 1966-67, 1970-71, 1972-73, 1975-76, 1976-77, 1979-80, 1983-84, 1989-90, 1991-92, 1993-94, 1997-98, 2001-02, 2005-06, 2007-08, 2009-10, 2011-12, 2012-13, 2014-15 sezonlarında ligi 2. sırada tamamladı.
Türkiye Kupası:
1967-68, 1973-74, 1978-79, 1982-83, 2011-12, 2012-13 sezonlarında Türkiye kupasını müzesine götürdü
Süper Kupa:
2007, 2009, 2014 yıllarında Süper Kupa’yı kazandı.
Cumhurbaşkanlığı Kupası:
1973, 1975, 1984, 1985, 1990 yıllarında Cumhurbaşkanlığı kupasını kaldırdı.
Başbakanlık Kupası:
1945, 1946, 1950, 1973, 1980, 1989, 1993, 1998 yıllarında ise Başbakanlık Kupası’nı kazandı Fenerbahçe.
Futboldan sonra en önemli branş olan basketbolda ise, basketbol takımı 1944 yılında kalıcı olarak kuruldu ve 1944-1945 yılında İstanbul İkinci Lig’de yer almıştı. Bu tarihten önce de sürekli çeşitli girişimler ile basketbol şubesi kurulmaya çalışılmıştı. Basketbolda ileri konumda olan ve atletizm branşında da Fenerbahçe ile sıkı işbirliği içinde bulunan Robert Kolej’in basketbolcularının 1925 yılında Fenerbahçe’ye girmeleriyle, bu spor dalı sarı-lacivertli kulüpte canlandığı gibi, Fenerbahçe dönemin basketbolda en güçlü takımı sayılan İstanbul musevilerinin takımı Maccabi’yi 1926’da 32-4’lük bir skor ile yenerek tarihindeki ilk maçında ilk galibiyetini de aldı. Ancak kulübün kapalı salona sahip olmaması bu hamleyi de ilerletmekten alıkoyarken, 1932 yılındaki yeniden kurulma gayreti de kağıt üzerinde kaldı ve ifade ettiğimiz gibi kalıcı olarak 1944 yılında Muhtar Sencer ve Cem Atabeyoğlu’nun katkıları ile basketbol şubesi kuruldu ve o yıl İstanbul 2. Lig’inde mücadelesine başladı.
1945-46 sezonunda bu ligde şampiyon olan takım, 22 Aralık 1945’te bu ligin ilk dört takımının oynadığı Dörtler Kupası’nın finalinde Beşiktaş’ı 41-27 yenerek birinciliği kazandığı gibi İstanbul’u temsilen katıldığı ve Edirne’de düzenlenen Trakya Kupası’nı da şampiyonlukla bitirirken tarihindeki ilk başarılarına erişti.
Amerikalı antrenör Merey Fenerbahçe basketbol takımın ilk yabancı çalıştırıcısı olurken, Karamürsel’de kurulan ABD üssünde görevli Chuck Rosenkronz 1950-51 döneminde sarı-laicvertli formayı giyen ilk yabancı oldu.
Türkiye Erkekler Basketbol Ligi:
1990-91, 2006-07, 2007-08, 2009-10, 2010-11, 2013-14 sezonlarında basketbol ligi şampiyonu olmuştur.
Basketbol Ligi İkinciliği:
1967-68, 1969-70, 1970-71, 1982-83, 1984-85, 1992-93, 1994-95, 2008-09 sezonlarında ise Fenerbahçe ikinci olmuştur.
Türkiye Kupası:
1966-67, 2009-10, 2010-11, 2012-13 yıllarında Türkiye Kupası’nı kazanırken, 1993-94, 1996-97 ve 1997-98 sezonlarında Türkiye Kupası’nda finale çıkmıştı.
Cumhurbaşkanlığı Kupası:
1990, 1991, 1994, 2007, 2014 yıllarında ise Cumhurbaşkanlığı Kupası’nı kazandı sarı lacivertliler.
Fenerbahçe Basketbol Takımı, 2004-2015 yılları arasında fırtına gibi esip FIBA Eurocup’da 2003-2004 sezonu 3. 2004-2005 sezonu 4. sırada tamamlamıştır. Fenerbahçe, Euroleague’de ise şimdiye kadar 11 kez (1998-99, 2006-07, 2007-08, 2008-09, 2009-10, 2010-11, 2011-12, 2012-13, 2013-14, 2014-15 ve 2015-16 sezonlarında) yer aldı. 2014-15 sezonunda olmak üzere bir kez Final-Four’a kalan Fenerbahçe, bir kez çeyrek final, altı kez de son 16 takım arasına kaldı.